在第二次新吉恩战争、()别名()“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。
()这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团()”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。
另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见()了自称为奥黛丽·()本的少女(实()为旧吉恩公国次男多兹鲁()·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发(),必()须组织“拉普拉()斯之()箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引()。
随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火()海。巴()纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他()面前的是比斯特财团的()当家()卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他。
随后,一场围绕“拉普拉斯之()箱”的战争开始了……